وكان الرئيس عبد الفتاح السيسي، قد وجه منذ وقوع الانفجار الأول صباح اليوم الأحد، رئيس مجلس الوزراء، المهندس شريف إسماعيل، وجميع الأجهزة المعنية بالتحرك لموقع الحادث الإرهابي، ورفع تقارير مباشرة له عن تبعيات حادث تفجير كنيسة مارجرجس بطنطا، مشددا على توجيه الرعاية الكاملة لجميع المصابين.
حيث دعا الرئيس عبد الفتاح السيسي، مجلس الدفاع الوطني للإنعقاد، اليوم الأحد، وذلك بعد حادث تفجير كنسية مارجرجس بطنطا، وكنيسة مارمرقس في الإسكندرية، وسقوط عدد من الشهداء والمصابين.
ويتكون مجلس الدفاع الوطنى من الرئيس عبد الفتاح السيسى رئيسًا، وعضوية كل من رئيس مجلس الوزراء، ورئيس مجلس النواب، والقائد العام للقوات المسلحة وزير الدفاع والإنتاج الحربى، ووزراء الداخلية، الخارجية، المالية، ورئيس المخابرات العامة، ورئيس أركان حرب القوات المسلحة، وقادة القوات البحرية، والقوات الجوية، وقوات الدفاع الجوى، ورئيس هيئة عمليات القوات المسلحة، ومدير إدارة المخابرات الحربية والاستطلاع.